setTimeout や setInterval などのタイマー操作は『timer.jsx モジュール』、
document.getElementById や createElement 、document 自体への参照は『js/web.jsx モジュール』、
console.log などは『console.jsx モジュール』（これを使わず log 関数で代替可能）、
process や require など node 系は『js/node.jsx モジュール』をインポートして使用します。

ビルトイン系は import せずとも全てそのまま使える感じです。

モジュール一覧
http://jsx.github.io/doc/stdlibref.html

// setTimeout や requestAnimationFrame などのタイマー関数を使う場合は、このモジュールを import する
import "timer.jsx";

class _Main {
    static function main(args : string[]) : void {
        log "Hello, world!";
        Timer.setTimeout(function():void{
            log "Hello, world!";
        }, 300);
    }
}

変換コマンド

jsx --executable web --output timer.js Timer.jsx